این پذیرش پس از آن به دست آمد که واتیکان و دانشمندان مناقشه‌ای چند قرنه را پشت سرگذاشته‌اند، مناقشه‌ای که هنوز هم ادامه دارد و احتمالا هیچگاه به پیروزی یک سوی ماجرا ختم نخواهد شد.
۳۵کیلومتر دورتر از شهر رم و میدان سنت پیتر در منطقه‌ای ییلاقی و مشرف به دریاچه‌ای زیبا، قصر گاندالفو برفراز تپه‌ای کم ارتفاع قرار گرفته است.
این قلعه اقامتگاه تابستانی پاپ است و بسیاری از ملاقات‌های مهم پاپ و کاردینال‌های ارشد در این قلعه قدیمی صورت می‌گیرد، در زمان پاپ پیوس یازدهم در دهه ۱۹۳۰ بو به‌دستور او، تجهیزات رصدخانه واتیکان به همراه مجموعه ارزشمندی از آثار علمی نجومی به این قلعه منتقل شدند.
تجهیزات جدیدی به مجموعه رصدخانه واتیکان در گاندالفو اضافه شد و اگر چه امروز واتیکان در جایی بسیار دورتر (ایالت آریزونای امریکا) صاحب یکی از مدرن‌ترین مراکز تحقیقات ستاره‌شناسی (VoRco) است، اما مجموعه با ارزشی که در گندالفو نگهداری می‌شود، جایگاه بار ارزشی به آن داده است.
در کتابخانه این قلعه که درهای آن تنها تحت شرایط بسیار خاص و برای افراد عالی رتبه باز می‌شود، مجموعه‌ای از دست‌نویس‌های بسیار ارزشمند که در فهرست کتاب‌های ممنوعه واتیکان قرار دارند نگهداری می‌شود. ۲۲ هزار جلد کتاب دست‌نویس‌های منحصر به فردی از دانشمندانی چون کپرنیک، گالیله، نیوتون، کپلر، تیکو براهه و تعداد زیادی از نسخ علمی دوران اسلامی در زمره این گنجینه به شمار می رود.
این مرکز علمی در تاریخ خود مهم شاهد رویدادهای غریبی بوده است، اما شاید نه پاپ گریگوری سیزدهم که دستور ساخت رصدخانه در میدان سنت پیتر را داد و نه پاپ پیوس یازدهم که رصدخانه را به گندالفو منتقل کرد هیچگاه فکر نمی‌کردند روزی سرپرست این مرکز کاتولیکی سختی به زبان آورد که تا همین چند قرن قبل کلیسا، دانشمندان را برای به زبان راندن آن حرف‌ها زنده در آتش می سوزاند.
اگر به قرن ۱۷ برگردیم متوجه می‌شویم که کلیسای کاتولیک آن دوران با امروز تفاوت‌های فراوانی داشت و هرگز اجازه ابراز نظری که در تضاد با آموزه‌های رسمی باشد را نمی‌داد . اوج این دوران عصر تفتیش عقاید (Inquisition) بود، دادگاههای مذهبی در این دوره، به بررسی اعتقادات افراد در حوزه‌های مختلف از جمله حوزه‌های علمی می‌پرداخت و اگر تضادی با آموزه‌های کلیسا در آن می یافتند، صاحب آن را تکفیر کرده و مجازاتی دردناک برای آنها در نظر می گرفتند. هزاران نفر در آن سالها به دلیل محکوم شدن در دادگاههای تفتیش عقاید زنده در آتش سوزانده شدند و یکی از بحث‌برانگیز‌ترین سوژه‌های باز پرسی های مفتشان عقاید، مسائل کیهان‌شناسی و نجومی بود.
کلیسای کاتولیک که آن دوران خود را در مرکز عالم می‌دید به مدل جهانی بطلمیوس اعتقاد کامل داشت وزمین را در مرکز عالم می‌دید. کلیسا هر صدای مخالفی با این باور خود را در نطفه خفه می کردشاید داستان محکومیت گالیله یکی از جنجال‌برانگیزترین نمونه‌های تاریخی این رویارویی باشد. گالیله که ۴۰۰ سال قبل با رصد تلسکوپی آسمان به شواهد تجربی در رد نظریه زمین مرکزی دست یافته بود توانست ایده کپرنیکی را به شکلی تجربی تایید کند و زمین – و همراه با آن کلیسای کاتولیک – را از مرکزیت عالم به کناری بیاندازد.
شاید انتشار چنین عقیده‌ای جایگاه مرکزی و محوری کلیسا را نیز با چالش مواجه می‌کرد. گالیله به دلیل نگرانی از رفتار کلیسا نتایج مطالعات خود را منتشر نکرد تا اینکه یکی از دوستان او به نام پاترن باربریانی با نام اوربان هشتم به مقام پاپی رسید ، گالیله از این فرصت استفاده کرده و اثر تاریخی خود به نام، گفتگو در باب ۲ روایت درخصوص جهان را در سال ۱۶۳۲ منتشر کرد . اما او بیش از اندازه به نفوذ دوست خود امید بسته بود، مرکزیت عالم موضوع شوخی‌برداری نبود و گالیله را به پای میز محاکمه تفتیش عقاید کشاند.
توبه ظاهری گالیله جان او را نجات داد و حصر ابدی او در خانه اش را به همراه داشت. اما روح او هرگز مورد بخشش قرار نگرفت و او به دلیل اثبات خورشید مرکزی گناهکار شناخته شد. با وجود این گالیله را باید خوش شانس به حساب آورد چرا که ۳۰ سال قبل از انتشار گفتگو، کلیسا دانشمند دیگری را که حاضر به توبه نشده بود از صحن دادگاه تفتیش عقاید به هیمه برافروخته ای در میدان شهر فرستاد، تا زنده سوزانده شود.
جوردانو برونو، کشیشی ایتالیایی بود که عقاید نوآورانه متفاوتی را مطرح می‌ساخت او هم همانند کپرنیک به نظام زمین مرکزی عالم انتقاد داشت و بیان می کرد که خورشید باید در مرکز منظومه شمسی باشد اما او اعتقاد کفرآمیز دیگری نیز داشت و آن اعتقاد به امکان وجود جهان‌های دیگر و امکان وجود حیات در آنها بود، برونو نمی‌توانست بپذیرد که انسان تنها موجود زنده کل عالم باشد و این یکی از دلایل اصلی بود که در دادگاه تفتیش عقاید روم بر علیه برونو مورد استدلال قرار گرفت و در نهایت در ۱۷ فوریه ۱۶۰۰ در آستانه قرن جدید در میدان شهر سوزانده شد.
بعد از رنسانس نبرد آشکار عالمان و کلیسا به لایه‌های پنهان‌تری منتقل شد اما همچنان ادامه یافت، پاپ ژان پل دوم که وظیفه خود را آماده کردن کلیسای کاتولیک برای ورود به هزاره جدید می‌دانست، سعی کرد حتی‌الامکان تنش‌های جهان ایمان مسیحی و دانش نوین را کم کند. به همین دلیل در گندالفو میزبان برخی از سرشناس‌ترین کیهان‌شناسان چون استفاون هاوکینگ شد تا نظریات جدید را بشنود.
اگرچه پاپ ژان پل دوم حاضر نشد هیچیک از روش‌های تحقیقاتی مدرن پزشکی چون استفاده از سلول‌های بنیادی را بپذیرد. اما در سال ۱۹۷۹ کمیسیونی از ریاضیدانان، کاردینال‌ها، مورخان و اخترشناسان را مامور کرد، تا روند دادگاه گالیله را بار دیگر مورد بررسی قرار دهند. نتیجه این بررسی‌ها که ۱۳ سال به طول کشید در حکم اول نوامبر ۱۹۹۲ منتشر شد ، در این بیانیه که با مهر مقام پاپی منتشر شد پس از ۳۶۰ سال و در عصری که ماهواره‌های فضایی در مرزهای منظومه شمسی قرار داشتند، عالی ترین مرجع کلیسای کاتولیک، حکم محکومیت گالیله را نقض و حکم بر بی‌گناهی او داد اما بر درستی اقدام کلیسا در آن دوره نیز تاکید کرد.
با درگذشت ژان پل دوم و در پی اجلاس مخفی کاردینال‌ها در ساعت ۱۹:۱۸ سه‌شنبه ۳۰ فروردین ۸۴ کاردینال جوزف راینزیگر با لقب بندیکت شانزدهم به مقام پاپی رسید. او که اکنون ۸۱ سال سن دارد و به ۱۰ زبان زنده دنیا سخن می‌گوید. بسیاری امیدوار بودند حضورش جهش دیگری برای کلیسای هزاره سوم و حرکت به سوی هماهنگی با علم و صلح در جهان باشد اما رویدادها مسیر دیگری را در پیش گرفت.
قراردادن تحقیقات پزشکی سلولی و روش‌های پیشگیری از بیماری‌های جنسی در فهرست گناهان جدید و دفاع از محاکمه و محکومیت گالیله از سوی بندیکت شانزدهم، خشم مجامع علمی را برانگیخت، به طوری که در ابتدای سال‌جاری و زمانی که پاپ می‌خواست برای مراسم آغاز سال تحصیلی به دانشگاه رم برود، دانشجویان دست به اعتراض زدند و مانع سخنرانی و حضور او شدند.
اما گویا باید به شگفتی سازی این امپراتوری قدیمی عادت کنیم. واتیکان بار دیگر همگان را شگفت‌زده کرد و در حالی که همگان گمان می‌کردند با کلیسایی اصول گراتر از ژان پل دوم مواجهند روزنامه لا آبزروریتور درومانو، که ارگان نیمه‌رسمی واتیکان محسوب می‌شود گفتگویی را با کشیش ۴۵ ساله واتیکان و رئیس رصدخانه واتیکان که مشاور علمی پاپ بندیکت نیز به حساب می‌آید منتشر کرد.
پدر گابریل فونز در این گفتگو برای نخستین بار در تاریخ کلیسا و برخلاف همه نظرات قبلی و حتی سیره عملی ان که سوزاندن دانشمندان معتقد به این نظر در قرون وسطی بود، اعلام کرد باور به وجود حیات فرازمینی در مریخ یا نقاط دیگر کیهان تقابلی با باورهای کاتولیکی ندارد و حتی ممکن است تمدن‌های هوشمندانه دیگری یافت شوند که از گناه نخستین مبرا باشند.
عنوان این گفتگوی جنجال‌برانگیز به نام «فرازمینی‌ها برادر من هستند» موجی از حیرت را ایجاد کرد. کلیسای کاتولیک بر مبنای قوانین فقهی سختگیرانه‌اش انسان را در مرکز عالم و آفرینش می‌داند و نمی‌تواند حضور حیات در نقاط دیگر را بپذیرد، برونو و دهها نفر دیگر به دلیل این اظهارنظر سوزانده شده بودند. اما گویا بادهای تغییر وزیدن گرفته اند و کلیسا نیز به افق های جدید می نگرد.
بسیاری از کارشناسان امیدوارند این اظهارنظر رسمی واتیکان آغازی برای آشتی بیشتر میان علم و کلیسای کاتولیک باشد و راه را به سوی تفاهم بیشتر باز کند. شاید این تغییر اساسی که دست کمی از پذیرش مدل زمین مرکزی و انقلاب کپرنیکی در تاریخ علم ندارد، بتواند کلیسا را به این سوی ببرد که در حل مشکلاتی نظیر شیوع ایدز در آفریقا و تلاش برای افزایش ضریب سلامت مردم و تحقیقات پزشکی نیز، نقش مسوولانه‌تری را بر عهده گیرد . برخی دیگر نیز اعتقاد دارند شاید تحولات اخیر در حوزه‌های فضایی و افزایش احتمال حیات سلولی به مریخ، اقمار مشتری و دیگر نقاط کیهان، کلیسای واتیکان را به اقدامی پیشگیرانه وادار کرده است تا زمانی که چنین خبر مهمی اعلام می‌شود عامه کاتولیک‌ها با بحران اعتقادی مواجه نشوند.
اما در پس این رویداد هر داستانی که نهفته باشد باید به یاد آورد که چالش قدیمی دانش و کلیسا هنوز ادامه دارد و بعید به نظر می رسد به این زودیها به نتیجه ای برسد.